教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数... 更多
教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数...手册介绍
1  创建初始结构
1.1  用xleap绘制分子
1.2  创建pdb文件
1.3  重复步骤
2  Antechamber
2.1  产生乙腈的mol2和frcmod文件
2.2  硼原子的问题
2.3  在xLEaP中输入
3  Parmchk
4  Packmol
5  使用tLEaP生成Amber prmtop文件
6  用Sander进行最小化
7  运行分子动力学模拟
8  用ptraj成像
9  自扩散系数
9.1  创建输入文件
9.2  运行ptraj
9.3  运行gnuplot
9.4  计算
10  结论
11  参考文献

创建pdb文件

2022-03-16 18:02:17
青
3403
最后编辑：默尼化工科技（上海）有限公司 于 2022-03-16 18:39:52
To create the pdb file for our molecule, type in the following command:
savePdb BF4 bf4.pdb

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