教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数... 更多
教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数...手册介绍
1  创建初始结构
1.1  用xleap绘制分子
1.2  创建pdb文件
1.3  重复步骤
2  Antechamber
2.1  产生乙腈的mol2和frcmod文件
2.2  硼原子的问题
2.3  在xLEaP中输入
3  Parmchk
4  Packmol
5  使用tLEaP生成Amber prmtop文件
6  用Sander进行最小化
7  运行分子动力学模拟
8  用ptraj成像
9  自扩散系数
9.1  创建输入文件
9.2  运行ptraj
9.3  运行gnuplot
9.4  计算
10  结论
11  参考文献

用Sander进行最小化

2022-03-16 17:40:24
青
849
最后编辑：青 于 2022-03-18 11:10:30
  1. Create a script named  runmin.sh. This script will create the input file and run sander. “imin=1” tells sander to run minimization, “ntpr=100” saves the restart file every 100 steps, “ntwx=100” prints the trajectory every 100 steps, “maxcyc=10000” runs minimization for 10000 cycles, and “ntb=1” specifies periodic boundary conditions.
    1. Note: Make sure you modify the arguments for sander if you want to run a second simulation. For example, after “min1” finishes, the input coordinate file should be “min1.x”, and the other output files should begin with “min2”.
    #!/bin/bash
    # CREATE the mdin file
    cat > mdin << EOF
    minimization
    &cntrl
    imin=1, ntpr=100, ntwx=100, maxcyc=10000,
    ntb=1,
    &end
    EOF
    sander -O \
    -i mdin.in \ # input file
    -o min1.o \ # output file
    -p ionicbox.prmtop \ # topology file
    -c ionicbox.inpcrd \ # input coordinate file
    -r min1.x \ # restart file
    -x min1.nc \ # output coordinate sets saved in trajectory
    -e min1.dat # energy data
Run this with:
$ ./runmin.sh
You should take a look at the Amber manual to learn more about these parameters.
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