教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数...手册介绍
- 1 创建初始结构
- 1.1 用xleap绘制分子
- 1.2 创建pdb文件
- 1.3 重复步骤
- 2 Antechamber
- 2.1 产生乙腈的mol2和frcmod文件
- 2.2 硼原子的问题
- 2.3 在xLEaP中输入
- 3 Parmchk
- 4 Packmol
- 5 使用tLEaP生成Amber prmtop文件
- 6 用Sander进行最小化
- 7 运行分子动力学模拟
- 8 用ptraj成像
- 9 自扩散系数
- 10 结论
- 11 参考文献
参考文献
- 2022-03-18 11:09:41
- 何请
- 774
- 最后编辑：青 于 2022-03-18 11:14:24
Wu, X. P.; Liu, Z. P.; Huang, S. P.; Wang, W. C. Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7 (14), 2771-2779.
Liu, Z. P.; Huang, S. P.; Wang, W. C. A refined force field for molecular simulation of imidazolium-based ionic liquids. Journal of Physical Chemistry B 2004, 108 (34), 12978-12989.
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