教程:AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数...手册介绍
- 1 创建初始结构
- 1.1 用xleap绘制分子
- 1.2 创建pdb文件
- 1.3 重复步骤
- 2 Antechamber
- 2.1 产生乙腈的mol2和frcmod文件
- 2.2 硼原子的问题
- 2.3 在xLEaP中输入
- 3 Parmchk
- 4 Packmol
- 5 使用tLEaP生成Amber prmtop文件
- 6 用Sander进行最小化
- 7 运行分子动力学模拟
- 8 用ptraj成像
- 9 自扩散系数
- 10 结论
- 11 参考文献
Parmchk
- 2022-03-16 17:40:24
- 青
- 694
- 最后编辑:青 于 2022-03-18 11:10:30
Parmchk creates force field modification (frcmod) files that fill in missing parameters. The following command creates a frcmod file from the previously created mol2 file:
Repeat this step for the two remaining mol2 files. You can get the frcmod files we created here: frcmod.acn, frcmod.bmi, and frcmod.bf4. Compare them to the ones you have created. Note that the frcmod.acn file is essentially empty, since all of the parameters needed for that molecule were present in the gaff.dat file. You can get rid of this file if you want.
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