教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数... 更多
教程：AMBER计算离子液体径向分布函数(RDFs)、自扩散系数...手册介绍
1  创建初始结构
1.1  用xleap绘制分子
1.2  创建pdb文件
1.3  重复步骤
2  Antechamber
2.1  产生乙腈的mol2和frcmod文件
2.2  硼原子的问题
2.3  在xLEaP中输入
3  Parmchk
4  Packmol
5  使用tLEaP生成Amber prmtop文件
6  用Sander进行最小化
7  运行分子动力学模拟
8  用ptraj成像
9  自扩散系数
9.1  创建输入文件
9.2  运行ptraj
9.3  运行gnuplot
9.4  计算
10  结论
11  参考文献

使用tLEaP生成Amber prmtop文件

2022-03-16 17:40:24
青
1027
最后编辑：青 于 2022-03-18 11:10:30
With the newly synthesized pdb file from packmol, use  tLEaP to generate a parameter-topology file (prmtop) and a coordinates file (inpcrd).
  1. Create an input file, commands.in:
    # change location of files accordingly
    source leaprc.gaff
    BMI = loadmol2 bmi.mol2
    BF4 = loadmol2 bf4.mol2
    ACN = loadmol2 acn.mol2
    ionicbox = loadPdb ionicbox.pdb
    loadamberparams frcmod.bf4
    loadamberparams frcmod.bmi
    loadamberparams frcmod.acn
    setbox ionicbox centers
    saveAmberParm ionicbox ionicbox.prmtop ionicbox.inpcrd
  2. Run tLEaP with input file:
    $ tleap -f commands.in
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